- ANTARA FOTO/Audy Alwi
VIVA – Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia (LIPI) berhasil menemukan dan mengidentifikasi varian Delta asal India dari spesimen pasien COVID-19 asal Karawang, Jawa Barat.
Hingga saat ini, dari sampel kasus COVID-19 yang berasal dari Karawang, tim riset LIPI telah berhasil mengidentifikasi 44 sampel yang mengandung virus SARS-CoV-2 varian Delta.
"Sementara ini kami baru mengidentifikasi sebanyak 61 sampel dan sisanya masih dalam proses sequencing dan diharapkan akan selesai dalam beberapa minggu ke depan," kata peneliti Pusat Penelitian Biologi LIPI Anik Budhi Dharmayanthi dalam keterangannya, Jakarta, Selasa, 22 Juni 2021.
Total sampel klinis pasien COVID-19 dari Karawang yang diterima oleh tim riset WGS LIPI dari Badan Penelitian Pengembangan Kesehatan (Balitbangkes) Kementerian Kesehatan RI hingga sekarang ini berjumlah 104 sampel. Hasilnya, dari 61 sampel telah berhasil diidentifikasi sampai tanggal 21 Juni 2021, 44 di antaranya merupakan varian Delta.
Dari hasil identifikasi sejauh ini, tim riset LIPI menemukan dua jenis variant of concern (VOC) telah berhasil diidentifikasi, yaitu B.1617.2 atau varian Delta sebanyak 44 sampel dan B.1.1.7 atau variant Alpha sebanyak 3 sampel. Hasil itu sudah dimasukkan dalam data global yang dikelola GISAID (Global initiative on sharing all influenza data).
LIPI sebagai salah satu institusi dalam konsorsium surveilans genom SARS-CoV-2 juga menerima sampel klinis pasien COVID-19 dari daerah lain dari Badan Penelitian Pengembangan Kesehatan (Balitbangkes) Kementerian Kesehatan RI untuk dilakukan analisis pengurutan genom menyeluruh atau whole genome sequencing (WGS).
Tim Surveilans Genom SARS-CoV-2 LIPI (Tim Venomcov) berhasil menggunakan platform dari Oxford Nanopore Technologies (ONT) untuk mengidentifikasi varian-varian COVID-19 itu.
Peneliti dari Pusat Penelitian Bioteknologi LIPI Anggia Prasetyoputri mengatakan identifikasi varian Delta itu menjadi yang pertama ditemukan di Jawa Barat, namun hal itu tidak serta merta mengimplikasikan bahwa varian ini baru saja muncul di daerah itu.
"Proporsi kemunculan varian Delta memang cukup besar dari sampel-sampel yang sudah dianalisis genomnya, yaitu sekitar 72 persen dari 61 sampel. Namun, perlu hati-hati juga menginterpretasikan karena belum tentu sebanyak itu pula proporsi di lapangan terkait varian yang beredar,” ujarnya.
Dia menuturkan diperlukan pemantauan terhadap pasien, penelusuran kontak, dan investigasi kasus lebih mendalam.
Mutasi virus
Virus Corona varian Delta atau SARS-CoV.2 B.1.617.2 merupakan mutasi dari virus penyebab COVID-19 yang selama ini mewabah (SARS-CoV.2 B.1.617).
Virus itu kali pertama terdeteksi di India pada akhir 2020, dan resmi dinamakan varian Delta oleh Badan Kesehatan Dunia WHO pada 31 Mei 2021, serta dikategorikan sebagai variant of concern (VOC).
Peneliti Pusat Penelitian Biologi LIPI Sugiyono Saputra, yang juga Ketua Tim Riset Whole Genome Sequencing (WGS) LIPI, menuturkan saat ini ada empat VOC, yaitu Alpha (B.1.1.7), Beta (B.1.351), Gamma (P.1) dan yang terbaru adalah Delta (B.1.617.2).
Sugiyono mengatakan varian Delta yang termasuk dalam VOC itu memiliki tingkat infeksi yang cenderung lebih tinggi.
Variant of concern (VOC) merupakan bagian dari variant of interest (VOI) yang melalui penilaian komparatif, mampu menyebabkan peningkatan penularan (transmisi), peningkatan virulensi atau gejala klinis, atau dapat menurunkan efektivitas dalam upaya penanggulangan seperti vaksin dan terapi. (ant)
