- Mitra Angelia
Namun, kiprah Masyumi tercoreng gara-gara beberapa anggotanya bergabung dengan pemberontakan PRRI terhadap Sukarno pada 1958. Dua tahun kemudian, pada 1960, Masyumi —dan Partai Sosialis Indonesia— dinyatakan sebagai organisasi terlarang.
Perselisihan internal di Masyumi mulai mengemuka enam tahun sebelum peristiwa pemberontakan PRRI itu. NU berselisih dengan kalangan intelektual Masyumi yang ingin membatasi peran para kiai NU pada ranah keagamaan saja, tidak dalam politik. NU memutuskan keluar dari Masyumi pada 5 April 1952 lalu menjadi partai politik dan mengikuti pemilu 1955. Muhammadiyah pun melepaskan keanggotaan istimewanya pada Masyumi menjelang pembubaran Masyumi pada 1960.
Menurut sejarawan Johan Wahyudi, dalam masa itu, posisi kaum santri sesungguhnya masih sangat diperhitungkan. NU bahkan menjadi partai peraih suara terbesar ketiga setelah PNI dan Masyumi. Tetapi setelah Masyumi terpecah-belah, daya tawar kaum santri menurun.
"Semasa Orde Baru,” kata Johan, “Ada hubungan yang agak dingin dengan Muslim tradisional yang berafiliasi dengan NU atau organisasi sejenis. Saat itu santri dianggap pasif dan kontra Islam modernis, seperti Muhammadiyah".
Kalangan santri, terutama tradisionalis yang diwakili NU, tampil sebagai kelompok oposisi atas pemerintahan Soeharto. Di bawah kepemimpinan Abdurrahman Wahid alias Gus Dur, cucu Hasyim Asy’ari atau putra Wahid Hasyim, meraih lagi popularitasnya di mata publik.
Puncaknya pada 1998 bersamaan dengan krisis ekonomi dan politik, saat Soeharto lengser dan digantikan BJ Habibie, sebagaimana ditulis Andree Feillard, "Pada saat ini, Abdurrahman Wahid telah menjadi faktor kunci dalam stabilitas Indonesia".
Feillard mencatat, Gus Dur memang mengecewakan kelompok aktivis pro-demokrasi penentang Soeharto, terutama karena gangguan kesehatannya sehingga dia tak dapat berbuat apa-apa. Gus Dur juga menolak untuk mendorong para mahasiswa turun ke jalan-jalan, sebelum dan sesudah kejatuhan Soeharto.
Dalam hal yang disebut terakhir, Feillard meyakini, sikap Gus Dur itu erat kaitannya dengan tradisi Islam Sunni bahwa "kekacauan lebih buruk daripada ketidakadilan, dan kita telah melihat NU selalu memilih keteraturan dengan harapan perubahan bisa diciptakan tanpa kekacauan. "Namun, apa pun itu, Gus Dur memang benar-benar menjadi faktor kunci: terpilih sebagai presiden pada 20 Oktober 1999".